Los orígenes de la iglesia se remontan a 1620, cuando se inició la construcción en el lugar de una preexistente capilla votiva dedicada a la Virgen de la Gracia. Ya en 1630 la iglesia estaba terminada y abierta al culto. En 1623 los jurados de la ciudad concedieron el terreno adyacente a los padres agustinos para edificar un convento. El acta de fundación data de 1624, y la construcción comenzó dos años después, en 1626. Según la tradición, la primera piedra fue colocada por el príncipe Luigi Guglielmo I Moncada, cuya familia favoreció la llegada de los agustinos a Caltanissetta.
Aunque estaba situada fuera de las murallas de la ciudad, la iglesia pronto fue muy frecuentada por la clase burguesa, como lo demuestran las numerosas sepulturas ilustres presentes en su interior.
Con la supresión de las órdenes religiosas en 1866, el convento fue confiscado y ampliado. Parte del edificio se destinó a sede del instituto técnico y parte a cuartel de la guardia de aduanas. En 1882 albergó el orfanato Maddalena Calafato. Las ampliaciones continuaron en el siglo XX, afectando también al cementerio situado detrás de la iglesia.
Entre 2013 y 2014 el edificio fue sometido a una importante restauración que sacó a la luz valiosos elementos históricos: la escalera exterior, retirada en la posguerra y sustituida por un balcón de hormigón armado, fue reconstruida, y los estucos interiores fueron recuperados.
Hoy la iglesia está completamente integrada en el tejido urbano, aunque se encuentra todavía en el extremo occidental del casco histórico, en la zona llamada Canalicchio, a lo largo del antiguo camino hacia Palermo (actual vía Maddalena Calafato).
La fachada está elevada respecto a la calle y se accede a ella mediante una escalera exterior. El interior presenta una sola nave con altares laterales y una bóveda de cañón decorada con ricos estucos que datan de 1840. El altar mayor conserva una pintura que representa a la Virgen de la Gracia, obra de Pietro Antonio Novelli, padre del más conocido pintor Pietro Novelli.