Notevole è l’altare di Sant´Ignazio con una sontuosa pala d’altare in altorilievo. Sant´Ignazio è raffigurato in un momento di estasi, mentre riceve da Dio la regola per la compagnia di Gesù.
Nel livello inferiore, sono rappresentati i quattro continenti allora conosciuti: l’Africa con un leone, l’Asia con un dromedario, l’Europa con la corona papale, l’America con la faretra. Manca naturalmente l’Oceania che ancora non era stata scoperta. Tutto l’altare è decorato da intarsi di marmi e pietre dure ed in particolare il paliotto, unico nel suo genere, rappresenta tanti uccelli esotici.
La prima cappella a sinistra entrando è quella di Sant’Anna, con affreschi di Luigi Borremans; a destra la cappella della Madonna del Carmelo, con un bellissimo paliotto di pietre pregiate. L’altare maggiore dedicato a Sant’Agata è sovrastato da un grande dipinto di Agostino Scilla che rappresenta il martirio della santa catanese. Ai due lati del presbiterio, due dipinti di Vincenzo Roggeri.