Les origines de l’église remontent au XIᵉ siècle : un document de 1101 la mentionne comme prieuré sous patronage royal de l’abbaye de la Très-Sainte-Trinité de Mileto, fondée par le Grand Comte Roger. Ce statut fut confirmé par une bulle du pape Eugène III en 1150. En 1454, l’évêque de Girgenti accorda à la Congrégation du Purgatoire le terrain pour construire la sacristie. En 1606, l’église fut confiée à la Confrérie du Purgatoire, qui la restaura et l’agrandit.
Une restauration radicale, financée en 1711 par le prêtre Riccobene, transforma complètement l’édifice, effaçant toute trace de la structure précédente. En 1747, lors de la visite de l’évêque de Girgenti Lorenzo Gioeni, l’église fut érigée en paroisse et se vit confier le quartier San Francesco, ainsi que les églises de Santa Croce, du Crucifix et de San Biagio.
En 1806 furent réalisés les stucs intérieurs, tandis qu’en 1910, grâce aux fonds recueillis par le chanoine Natale, la façade, le maître-autel en marbre et le simulacre de Saint Antoine furent renouvelés.
Jusqu’à la Seconde Guerre mondiale, l’église abritait de précieuses œuvres d’art, parmi lesquelles : une esquisse en terre cuite représentant Saint Jean (aujourd’hui au Musée diocésain de Caltanissetta), et le Crocifisso dello Staglio, tableau aujourd’hui conservé à l’abbaye du Saint-Esprit. Lors du bombardement de 1943, l’édifice subit de graves dommages et fut reconstruit en 1945.
En 2008, la Surintendance du Patrimoine Artistique et Culturel de Caltanissetta entreprit une restauration portant à la fois sur l’intérieur (conservation des stucs et des peintures) et sur l’extérieur, où une nouvelle toiture à fermes en bois lamellé fut réalisée. L’église se trouve au cœur du vieux quartier arabe de Caltanissetta, parmi les ruelles non loin de l’église San Domenico. La façade, en grès et à un seul ordre, est surmontée d’un fronton triangulaire et présente : un portail central, une niche avec la statue de Saint Jean et une grande fenêtre illuminant l’intérieur. À gauche s’élève le clocher.
L’intérieur, décoré par le peintre Pollace, est à nef unique avec trois compartiments latéraux, chacun doté d’un autel. Parmi les œuvres conservées figurent : une statue de l’Immaculée réalisée par Biangardi, un Saint Joseph en bois du XVIIIᵉ siècle, et une peinture de Saint Joseph attribuée à Pollace. De particulière importance est le baptistère, considéré comme le plus ancien de la ville.