Poco dopo la metà del '700, durante la quarta visita pastorale del vescovo Lorenzo Gioeni, si decise di chiudere l'area cimiteriale della chiesa delle Anime Sante del Purgatorio, perché ingombra e poco adatta a un ulteriore sviluppo sulla scarpata del pianoro Cuba. Di conseguenza, era necessario identificare un'area più propizia per le sepolture. Venne così identificata l'area dove oggi sorge la chiesa di San Giuseppe, e la chiesa assunse, quindi, funzione cimiteriale, dimostrata anche dall'esistenza di una cripta, oggi non accessibile.
I fedeli di Serradifalco sono sono stati sempre devoti al patriarca San Giuseppe, tanto da erigere questa piccola chiesa dopo la metà del 1700. Dopo qualche anno, il sacro edificio fu chiuso per mancanza di curati e cappellani, ma soprattutto per problemi economici. L'ultima ristrutturazione risale al 1925 e al 1930 si data il campanile, contemporaneo ai due campanili laterali della chiesa Madre.