Poco después de mediados del siglo XVIII, durante la cuarta visita pastoral del obispo Lorenzo Gioeni, se decidió cerrar el área cementerial de la iglesia de las Ánimas Santas del Purgatorio, pues estaba saturada y resultaba poco adecuada para un mayor desarrollo en el escarpe de la meseta Cuba. En consecuencia, fue necesario identificar un área más apropiada para los entierros. Así se eligió el lugar donde hoy se levanta la iglesia de San José, que asumió entonces función cementerial, como lo demuestra la existencia de una cripta hoy inaccesible.
Los fieles de Serradifalco siempre han sido devotos del patriarca San José, hasta el punto de erigir esta pequeña iglesia después de mediados del siglo XVIII. A los pocos años, el edificio sagrado fue cerrado por falta de curas y capellanes, pero sobre todo por problemas económicos. La última restauración data de 1925, y el campanario se construyó en 1930, contemporáneo de los dos campanarios laterales de la iglesia Mayor.