L’autel de Saint Ignace est particulièrement remarquable, avec un somptueux retable en haut-relief représentant Saint Ignace en extase, recevant de Dieu la règle pour la Compagnie de Jésus.
Dans sa partie inférieure, sont figurés les quatre continents alors connus : l’Afrique avec un lion, l’Asie avec un dromadaire, l’Europe avec la tiare papale, et l’Amérique avec un carquois. L’Océanie n’y figure pas, n’étant pas encore découverte. Tout l’autel est décoré d’incrustations de marbres et de pierres précieuses ; le devant d’autel, unique en son genre, représente de nombreux oiseaux exotiques.
La première chapelle à gauche en entrant est dédiée à Sainte Anne, avec des fresques de Luigi Borremans ; à droite se trouve la chapelle de Notre-Dame du Carmel, ornée d’un magnifique devant d’autel en pierres précieuses. L’autel majeur, dédié à Sainte Agathe, est dominé par une grande peinture d’Agostino Scilla représentant le martyre de la sainte de Catane. De part et d’autre du presbytère se trouvent deux tableaux de Vincenzo Roggeri.